WWW.DIS.KONFLIB.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

 
<< HOME
Научная библиотека
CONTACTS

Pages:     || 2 | 3 | 4 | 5 |   ...   | 78 |

Костюк светлана викторовна роль внеклеточной днк в функциональной активности генома человека 03.02.07 — генетика диссертация на соискание учёной степени доктора биологических наук

-- [ Страница 1 ] --

ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ

«МЕДИКО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР»

РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ МЕДИЦИНСКИХ НАУК.

На правах рукописи

Костюк Светлана Викторовна

РОЛЬ ВНЕКЛЕТОЧНОЙ ДНК В ФУНКЦИОНАЛЬНОЙ

АКТИВНОСТИ ГЕНОМА ЧЕЛОВЕКА

03.02.07 — генетика Диссертация на соискание учёной степени доктора биологических наук

Научный консультант:

доктор биологических наук Вейко Наталья Николаевна Москва – 2014

СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ (Внеклеточная ДНК – биологически активная молекула) 1.1. Свойства внеклеточной ДНК 1.1.1. Стандартизация методов выделения и хранения вкДНК 1.1.2. Концентрация вкДНК 1.1.3. Фрагментация вкДНК 1.1.4. Содержание различных последовательностей в составе вкДНК 1.1.5. Эпигенетические модификаци вкДНК: метилирование фрагментов вкДНК 1.1.6. Окислительная модификация оснований вкДНК 1.1.7. Свойства вкДНК определяют ее характеристики как маркера при патологии и при опасных для генома воздействиях 1.1.7.1. Применение вкДНК в качесве маркера ранней диагностики в онкологии 1.1.7.2. Применение вкДНК в качесве маркера в пренатальной диагностике, транспланталогии и других областях диагностики 1.2. Происхождение вкДНК. Механизм появления вкДНК в циркуляции 1.3. Формы существования вкДНК 1.4. Биологическая активость вкДНК 1.4.1. ВкДНК как активатор иммунных реакций 1.4.2. ВкДНК как фактор стресс-сигнализации в индуцированном ионизирующей радиацией эффекте свидетеля 1.5. Способы проникновения вкДНК внутрь клетки 1.6. Внутриклеточные рецепторы, опознающие фрагменты вкДНК 1.6.1. Белки семейства TLR – сенсоры фрагментов вкДНК 1.6.1.1. Общая характеристика белков TLR 1.6.1.2. Природные и синтетические лиганды TLR9 1.6.1.3. Ингибиторы взаимодействия CрG -ДНК с TLR9 1.6.1.4. Механизм доставки лигандов к TLR, расположенным на эндосомах 1.6.1.5. Шапероны – роль в подготовке и перемещении TLR в эндосомы 1.6.1.6. Как иммунная система отличает нуклеиновые кислоты болезнетворных микроорганизмов и собственные нуклеиновые кислоты 1.6.2. Другие рецепторы - кандидаты на роль связывания вкДНК 1.6.2.1. ZBP1 или DAI – сенсор цитозольной ДНК 1.6.2.2. Роль рецептора RIG1 в проведении сигнала от вкДНК 1.6.2.3. AIM2 и инфламмасома 1.7. Внеклеточная ДНК – индуктор окислительного стресса в клетках 1.7.1. Роль фермента NOX4 в синтезе активных форм кислорода, индуцированном вкДНК 1.8. Внеклеточная ДНК принимает участие в регуляции клеточного цикла 1.9. Транскрипционные факторы и сигнальные пути, активирующиеся в клетках при действии внеклеточной ДНК 1.9.1. Внеклеточная ДНК вызывает активацию транскрипционного фактора NF-kB 1.9.2. Внеклеточная ДНК вызывает активацию ядерного фактора NRF2 1.9.3. Взаимодействие между NRF2 - и NF-kB - сигнальными путями 1.





10. Заключение по данным литературы 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ. 2.1. Анализируемая выборка 2.2. Выделение внеклеточной ДНК 2.3. Определение концентрации и размеров фрагментов ДНК вкДНК 2.4. Определение содержания повторяющихся последовательностей генома в составе вкДНК 2.5. Определение нуклеазной активности 2.6. Метод ИФА на ДНК-связывающих мембранах 2.7. Культивирование мезенхимных стволовых клеток (МСК) 2.8. Культивирование HUVEC (клеток эндотелия из вены пуповины) 2.9 Культивирование фибробластов 2.14. Определение количества нитритов и нитратов (метаболитов окиси азота) 2.16. Определение содержания 8-окси-7,8-дигидрогуанозина (8-oxoG) в составе вкДНК 2.17. Определение одно- и двуцепочечных разрывов ДНК в клетках. Метод ДНК-комет (single cell gel electrophoresis) 2.18. Определение двуцепочечных разрывов ДНК ядер клеток методом иммунофлуоресценции 2.24. Оценка уровня экспрессии генов методом ПЦР в реальном времени 3.1. свойства внеклеточной ДНК. Поиск свойств, определяющих биологическую активность вкДНК 3.1.1. Концентрация вкДНК не может служить маркером хронического низкоуровнего повреждающего воздействия или хронически протекающего патологического процесса 3.1.1.2. Концентрация вкДНК зависит от нуклеазной активности плазмы крови 3.1.3. Концентрация повторяющихся последовательностей генома человека в 3.1.3.1. ГЦ-богатая последовательность рибосомного повтора накапливается в 3.1.3.2. Содержание АТ-богатой последовательности генома в профессиональному хроническому воздействию ионизирующего излучения снижено по сравнению с контрольной группой 3.1.5. Фрагменты рДНК, накапливающейся в составе вкДНК, образует в крови 3.1.5.1 Титры антител к рДНК в выборке облученных лиц выше, чем в 3.2. Влияние внеклеточной ДНК на функциональную активность генома гистологически различных культивируемых клеток человека с разным пролиферативным потенциалом 3.2.3. Характеристика образцов вкДНК и модельных фрагментов 3.2.4. Локализация окисленных и неокисленных фрагментов вкДНК в клетках 3.2.5. Изменение уровня активных форм кислорода в разных типах клеток при действии окисленных и неокисленных ГЦ-богатых фрагментов вкДНК 3.2.5.1. Количество АФК в HUVEC определяется свойствами вкДНК 3.2.5.2. Синтез АФК в МСК при воздействии окисленных и неокисленных 3.2.5.3. Окисленные вкДНК индуцируют в раковых клетках MCF- 3.2.5.4. Изменение уровня активных форм кислорода в фибробластах при 3.2.6. Окислительные модификации вкДНК индуцируют повышение уровня 3.2.7. Окисленные фрагменты вкДНК индуцируют кратковременную 3.2.8. Окисленные и ГЦ-богатые фрагменты вкДНК вызывают быстро 3.2.8.1. Окисленные и ГЦ-богатые фрагменты вкДНК вызывают в ядрах 3.2.8.2. Внеклеточная ДНК с измененными свойствами стимулирует образование и репарацию разрывов хроматина культивируемых мезенхимных стволовых клеток человека 3.2.8.3. Окисленные вкДНК стимулируют увеличение количества разрывов 3.2.8.4. Окисленные фрагменты вкДНК снижают уровень двунитевых разрывов в HEF и HDF, культивируемых в условиях окислительного стресса 3.2.9. Окисленные вкДНК повышают уровень нестабильности генома 3.2.9.1. Окисленные фрагменты вкДНК транзиторно увеличивают 3.2.10. Изменение свойств вкДНК влияет на пролиферацию разных типов 3.2.10.1. Снижение содержания Ki-67 в клетках в ответ на присутствие 3.2.10.2. Изменение экспрессии маркера пролиферации и репарации PCNA в 3.2.11.1. Изменение экспрессии генов, участвующих в регуляции клеточного цикла при действии окисленных и ГЦ-богатых фрагментов вкДНК 3.2.12. Активация процессов репарации двунитевых разрывов ДНК в клетках 3.2.12.1. Изменение пространственного положения локусов прицентромерного гетерохроматина района 1q12 при действии фрагментов вкДНК 3.2.13. ГЦ-богатые и окисленные фрагменты вкДНК снижают уровень гибели 3.2.14. ГЦ-богатые и окисленные фрагменты вкДНК снижают количество клеток с признаками апоптоза в разных клеточных популяциях 3.2.14.1. ВкДНК снижает активность каспазы 3 в клетках разных типов 3.2.14.2. Изменение экспрессии генов, участвующих в регуляции апоптоза 3.2.15. ВкДНК повышает транскрипционную активность клеток 3.2.16. TLR9 – рецептор, через который фрагменты вкДНК реализуют 3.2.16.1. ВкДНК больных ревматоидным артритом, модельные ГЦ- богатые фрагменты увеличивают экспрессию гена TLR9 в лимфоцитах человека 3.2.16.2. ГЦ-ДНК усиливает экспрессию TLR9 в эмбриональных 3.2.16.3. ГЦ-ДНК снижает экспрессию TLR9 в лимфоцитах больного СКВ 3.2.16.4. ГЦ-ДНК усиливает экспрессию TLR9 в СD34+ клетках и 3.2.16.5. При действии ГЦ-богатых фрагментов вкДНК активируются 3.2.16.6. ГЦ-богатые фрагменты вкДНК реализуют свое активирующее 3.2.16.6.1. Изменение уровня экспрессии белка TLR9 при действии на 3.2.16.7. Изменение уровня экспрессии TLR9 в MCF7 при действии вкДНК с 3.2.16.8. ГДНК и гДНКокси снижают уровень сенсора ДНК TLR9 в культивируемых фибробластах при длительном культивировании 3.2.17. Участие рецепторов АIМ2 в проведении сигнала от вкДНК в клетках 3.2.17.1. Влияние фрагментов вкДНК на уровень экспрессии гена рецептора 3.2.17.2. ВкДНК повышает уровень экспрессии гена рецептора AIM2 в 3.2.17.3. Изменение экспрессии рецептора AIM2 на уровне гена и на уровне белка при действии фрагментов вкДНК на культуру раковых клеток MCF-7 3.2.17.4. Геномая ДНК и гДНКокси снижают уровень сенсора ДНК AIM2 в культивируемых фибробластах при длительном культивировании 3.2.18. Роль рецептора RIG1 в проведении сигнала от вкДНК 3.2.18.1. Влияние вкДНК на уровень экспрессии гена RIG1 в МСК 3.2.18.2. Влияние вкДНК на экспрессию рецепторов RIG1 в HUVEC 3.2.18.3. Влияние вкДНК на экспрессию рецепторов RIG1 в MCF7 и HDF 3.2.20. Влияние вкДНК на экспрессию белков семейства TLR 3.2.21.1. Изменение уровня экспрессии гена MyD88 –адаптера TLRсигнального пути в ответ на стимуляцию МСК фрагментами п(рДНК) 3.2.21.2. Динамика изменения количества мРНК гена MyD88 – адаптера TLR-сигнального пути в ответ на стимуляцию HUVEC и MCF7 фрагментами вкДНК 3.2.21.3. Влияние фрагментов вкДНК на активацию адаптера TLR9 сигнального пути – MyD88 на уровне транскрипции в лимфоцитах, CD34+ клетках костного мозга и фибробластах 3.2.22. ВкДНК активирует NF-kB- сигнальный путь в разных типах клеток 3.2.22.1. ВкДНК активирует экспрессию генов NF-kB - сигнального пути в 3.2.22.2. Фрагменты вкДНК активируют экспрессию транскрипционного 3.2.22.3. Активация процессов транскрипции генов цитокинов при действии фрагментов п(рДНК) на МСК. Активация синтеза цитокинов - IL10 и TNF фрагментами ГЦ-обогащенной вкДНК 3.2.22.4. Изменение экспрессии генов молекул сигнального каскада, контролирующего транскрипционный фактор NF-kB, в HUVEC при действии фрагментов вкДНК 3.2.22.5. Влияние фрагментов вкДНК на количества белка р65 и его 3.2.22.6. ВкДНК повышает экспрессию генов цитокинов IL8, IL6, IL10 и 3.2.22.7. Изменение уровня экспрессии генов молекул адгезии: ICAM1, SELE 3.2.22.8. ГЦ-обогащенная п(рДНК) активирует NF-kB - сигнальный путь в 3.2.22.9. Активация экспрессии генов NF-kB – сигнального пути образцами 3.2.22.10. Влияние окисленных фрагментов вкДНК на активность NF-kB – сигнального пути в фибробластах в условиях окислительного стресса 3.2.23. Активация фрагментами вкДНК NRF2 – сигнального пути 3.2.23.2. Активация NRF2- сигнального пути фрагментами вкДНК в HUVEC 3.2.23.3. Окисленные и неокисленные образцы вкДНК снижают активность транскрипционного фактора NRF2 и активируют транскрипционный фактор STAT3 в клетках MCF 3.2.23.4. Окисленные вкДНК активируют NRF2 – сигнальный путь в 3.2.23.5 Изменение уровня экспрессии гена SOD1 при действии ГЦ-богатых 3.2.24. Активация STAT3 - сигнального пути фрагментами вкДНК в разных 3.2.24.1. Активация экспрессии STAT3 фрагментами вкДНК в МСК 3.2.24.2. Активация STAT3 - сигнального пути фрагментами вкДНК в 3.2.24.3. Активация STAT3 - сигнального пути фрагментами вкДНК в MCF-7 3.2.25. Активация транскрипционного фактора PPARG2 фрагментами вкДНК 3.2.26. Окисленная вкДНК – фактор стресс-сигнализации в передаче сигнала 3.2.27. Окисленная вкДНК повышает устойчивость HDF к ионизирующей 3.2.28. Воздействие ГЦ- ДНК улучшает выживаемость МСК после облучения 3.2.29. ГЦ-богатые фрагменты вкДНК стимулируют в МСК устойчивость к 3.2.30. Влияние изменения свойств вкДНК на специфическую 3.2.30.1. Изменение свойств вкДНК влияет на количество окиси азота в 3.2.30.2. Изменение уровня экспрессии и полимеризации актина 3.2.30.3. Повышение экспрессии генов миогенной дифференцировки при

СПИСОК ЧАСТО ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

CpG-ОДН – CpG-содержащие олигонуклеотидные аналоги;

GAPDH – глицеральдегид фосфодигедрогеназа;

IRF3/7 – фактор, регулирующий транскрипционную активность гена интерферона;



Pages:     || 2 | 3 | 4 | 5 |   ...   | 78 |
 

Похожие материалы:

« Кондратьева Анна Михайловна СОСТАВ И СТРУКТУРА ГЕМИПТЕРОКОМПЛЕКСОВ ОКОЛОВОДНЫХ ЭКОТОННЫХ БИОТОПОВ СРЕДНЕРУССКОЙ ЛЕСОСТЕПИ Шифр и наименование специальности: 03.02.08 – экология Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель – доктор биологических наук, профессор В. Б. Голуб Воронеж 2014 СОДЕРЖАНИЕ СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ВВЕДЕНИЕ ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Понятие экотон 1.2. История изучения фауны насекомых экотонов 1.3. История ...»

« Вакурин Алексей Александрович Хромосомная изменчивость и дифференциация близких таксонов мелких млекопитающих на примере представителей родов Cricetulus, Tscherskia и Ochotona 03.02.04 – зоология Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель: д.б.н., с.н.с. Картавцева Ирина Васильевна Владивосток – 2014 2 Оглавление Оглавление Введение Глава 1. Структура кариотипа в фокусе проблем таксономии 1.1. Краткая характеристика объектов ...»

« ПОПОВ АНАТОЛИЙ АНАТОЛЬЕВИЧ ФАУНА И ЭКОЛОГИЯ ТАМНО – И ДЕНДРОБИОНТНЫХ ПИЛИЛЬЩИКОВ (HYMENOPTERA, SYMPHYTA) ЦЕНТРАЛЬНОЙ ЯКУТИИ 03.02.05 – энтомология Диссертация на соискание учёной степени кандидата биологических наук Научный руководитель: доктор биологических наук Н.Н. Винокуров Якутск – 2014 2 ОГЛАВЛЕНИЕ Введение……………………….… Глава 1. История исследований пилильщиков Якутии.………………………. 7 Глава 2. Материал и методика исследований……….………………………… 13 Глава 3. Природные условия района ...»

« БУРДУКОВСКИЙ МАКСИМ ЛЕОНИДОВИЧ ВЛИЯНИЕ ДЛИТЕЛЬНОЙ ХИМИЗАЦИИ ПОЧВ ЮГА ДАЛЬНЕГО ВОСТОКА НА БИОЛОГИЧЕСКИЙ КРУГОВОРОТ И СОДЕРЖАНИЕ МАКРО– И МИКРОЭЛЕМЕНТОВ 03.02.08 – экология Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель: гл.н.с., д.б.н. Голов В.И. ВЛАДИВОСТОК – 2014 2 ВВЕДЕНИЕ ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1 Степень изученности темы 1.2. Калий 1.2.1 Содержание калия в почвах и почвообразующих породах . 14 1.2.2 Физиологическая роль калия ...»

« Старков Алексей Иннокентьевич ЭКОЛОГИЯ ДАУРСКОЙ ПИЩУХИ (OCHOTONA DAUURICA PALLAS, 1776) В ЮГО-ЗАПАДНОМ ЗАБАЙКАЛЬЕ Специальность 03.02.08 — Экология (биологические науки) Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель: канд. биол. наук Н.Г. Борисова Улан-Удэ - 2014 2 ОГЛАВЛЕНИЕ ВВЕДЕНИЕ …………………………………………………………….…. 4 Глава 1 ФИЗИКО-ГЕОГРАФИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РЕГИОНА ИССЛЕДОВАНИЙ. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ……………….……………. 8 Физико-географическая ...»

« Чвартацкая Оксана Викторовна Воздействие фрагментов рибосомных генов, накапливающихся во внеклеточной ДНК, на свойства мезенхимальных стволовых клеток человека Специальность 03.01.04 биохимия Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель: доктор биологических наук, доцент Севастьянова Г.А. Москва – 2014 ОГЛАВЛЕНИЕ Принятые сокращения и аббревиатуры………………………… 5 ВВЕДЕНИЕ…………………………………………………………. 7 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1 Биологические ...»

« ВЕНЕДИКТОВ Алексей Александрович РАЗРАБОТКА БИОМАТЕРИАЛОВ ДЛЯ РЕКОНСТРУКТИВНОЙ ХИРУРГИИ НА ОСНОВЕ КСЕНОПЕРИКАРДИАЛЬНОЙ ТКАНИ 14.01.24 – Трансплантология и искусственные органы 03.01.04 – Биохимия Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научные руководители: доктор биологических наук, профессор В.И. Севастьянов доктор биологических наук, профессор М.Т. Генгин Москва – 2014 2 ОГЛАВЛЕНИЕ ВВЕДЕНИЕ……………………………………………………………………………………… 4 ОСНОВНАЯ ...»

« Малева Елена Анатольевна МИКРОЭКОЛОГИЧЕСКИЙ СТАТУС ХРОНИЧЕСКОЙ АНАЛЬНОЙ ТРЕЩИНЫ И ЕГО ВЛИЯНИЕ НА ВЫБОР МЕТОДА ЛЕЧЕНИЯ 14.01.17 – Хирургия 03.02.03 – Микробиология Диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук Научные руководители: Грекова Наталия Михайловна кандидат медицинских наук, доцент Телешева Лариса Федоровна доктор медицинских наук, профессор Челябинск, 2014 2 Оглавление: Введение…………………………………………………………………………….5 Глава первая Современные ...»

« СУДАКОВ ДМИТРИЙ ВАЛЕРИЕВИЧ МАТЕМАТИЧЕСКИЕ МОДЕЛИ ВЫБОРА РАЦИОНАЛЬНЫХ СХЕМ ЛЕЧЕНИЯ ГНОЙНЫХ РАН У БОЛЬНЫХ САХАРНЫМ ДИАБЕТОМ Специальность: 03.01.09 – Математическая биология, биоинформатика (медицинские науки) ДИССЕРТАЦИЯ на соискание учной степени кандидата медицинских наук Научный руководитель: доктор медицинских наук, профессор Снопков В.Н. Курск – 2014 СОДЕРЖАНИЕ ВВЕДЕНИЕ ГЛАВА I. АНАЛИЗ МЕТОДОВ ДИАГНОСТИКИ И ЛЕЧЕНИЯ ГНОЙНЫХ РАН У БОЛЬНЫХ С САХАРНЫМ ДИАБЕТОМ 1.1. ...»

« Бухарина Наталья Сергеевна ВИЗУАЛИЗАЦИЯ И МОНИТОРИНГ АКТИВНОСТИ ЦИТОХРОМА P450 BM3 С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ АТОМНО-СИЛОВОЙ МИКРОСКОПИИ Специальность 03.01.04 – биохимия Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель: доктор биологических наук, профессор Ю.Д. Иванов Москва – 2014 2 СОДЕРЖАНИЕ Введение 6 Глава 1. Обзор литературы 12 Цитохром P450 BM3 1.1 12 Энзимология единичных молекул ферментов 1.2 18 Методы измерения каталитической ...»




 
© 2013 www.dis.konflib.ru - «Бесплатная электронная библиотека»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.